Первой программой стал расчет математической модели распространения заболеваемости туберкулезом среди двухмиллионного населения с точностью до одного человека. По словам Валентина Топчия, его другими ближайшими прикладными задачами центра станут моделирование распространения загрязнений в атмосфере, расчеты уточнения структуры кристаллических дисперсных наноматериалов, разработка методов, алгоритмов и компьютерных программ для моделирования управления трубопроводными системами.
Технической основой центра стал кластер на базе суперкомпьютера пиковой производительностью 190 Гигафлоп, то есть он способен выполнять более 10 миллиардов операций в секунду. Уже начата реализация следующего этапа развития центра